论文查重系统的最小检测单位是句子，论文查重时对句子有相应的处理，有一个句子相似性的算法，但并不是句子完全一样才判断为相同。句子有句子级的相似算法，段落有段落级的相似算法，计算一篇文献，一段话是否与其他文献文字相似，是在此基础上综合得出的。改变字序或者句序，原则上是不会被原文查重的，具体的还要看你改的方法。