水利建设基金的会计分录：计提时，借：税金及附加，贷：应交税费——地方水利建设基金。；实际交纳时，借：应交税费—地方水利建设基金，贷：银行存款。水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设，一般按照的1%来计提和交纳。其计算公式为：水利建设基金=（销项税额-进项税额）×1%。
水利建设基金免缴范围
1、未达到起征点的生产经营单位和个体工商户；
2、国家规定免征的生产经营收入；
3、驻湘军工企业（不含已核发了工商营业执照的军转民企业）销售军工产品收入；
4、国防工程、防洪工程（不含经营服务性配套设施建设）、孤儿院、敬老院建设用地；
5、国家规定的其他免征情形。
地方水利建设基金主要用于地方水利工程建设。跨流域、跨省(自治区、直辖市)的重大水利建设工程的治理投资由和地方共同负担。由于水利建设基金一般从车辆购置税收入、铁路建设基金、港口建设费收入等资金中提取，通常大众所说的企业缴纳的水利建设基金一般是指地方水利建设基金。
水利建设基金的计税依据分为两种情况：1、以销售额为计税依据，这里的销售额指的就是企业的不含税销售额，这种方法使用的范围很广；2、以实际缴纳的、消费税为计税依据，山东在征收水利建设基金时，以实际缴纳的、消费税为计税依据。