法律分析：当一方在签订合同时需要支付保证金，但在合同履行过程中，因为违约或者其他原因，需要给对方赔偿时，若支付的保证金金额不足以覆盖赔偿金额，该如何处理呢？根据相关法律规定，可以采取以下处理方式：
法律依据：
1.《合同法》第二百三十九条：当事人可以在合同中约定保证金，但保证金不得高于合同价款的百分之二十。
2.《合同法》第二百四十六条：当事人一方违约，给对方造成损失的，应当赔偿损失。
3.《民法典》第一百二十：当事人按照法律规定或者约定支付保证金的，对方在履行自己的义务后，应当返还保证金。
4.《民法典》第一百三十四条：当事人因违约或者不当行为给对方造成损失的，应当承担损害赔偿责任。
因此，当支付的保证金金额不足以覆盖赔偿金额时，应当先扣除保证金，若仍有赔偿剩余，则需按照合同约定或者法律规定进行支付。同时，在赔偿结束后，剩余的保证金应当返还给缴纳方。